引子--极光之下
2016年的一天，极光开始异常的在全球范围内出现。
这一现象，是类似陨石的‘热熔体’撞击地球大气层所致。
巨大陨石般的‘热熔体’在地球大气层分解，并释放了大量的发光粒子——‘希德粒子’，就像pm2.5引起的雾霾一样，这种微小粒子对人类极具危害，它能抑制生物的自由生长，轻则使人类丧失生育能力，重则立即死亡，这对整个人类来说是致命的威胁。
人类不得不联合起来，共同对抗这次灭世危机。
根据天文学家观察，那些名为热熔体的‘类陨石’物体，是从木星的卫星木卫一上投送而来，其投送者，是一种类似植物的外星生命体，因为主体结构长得像植物的种子，所以被称作‘seed’，音译作‘希德’。
为了不让热熔体进入地球大气层，人类开始发射载人航天器，宇航员在外太空中使用精确制导武器，来逐一摧毁进犯的‘热熔体’。
这次行动有成功有失败，比如宇航员保罗牺牲自己，用肉体撞击‘热熔体’，用生命的代价得到了的珍贵数据，化解了人类灭亡的危机。
这个阶段的最终结果是木卫一上的希德不再发射‘热熔体’，人类取得了阶段性的胜利。
中期--月光之旅
主人公陆川，对希德粒子拥有特殊的屏蔽作用，不止自己不受粒子危害，他还可以屏蔽方面六米空间内的希德粒子，具有保护其他人的能力。
地球防御委员会EDC发现了他的存在，并将他的特殊性应用在航天上，由于太空中具有致命剂量的希德粒子，所以陆川成了每次航天行动中的常备乘员，专门负责保护其他宇航员的安全。
在对抗‘热熔体’的行动中，陆川几乎全程参与，对整个行动的成功做出了重要的贡献。
然而，当人类消灭了热熔体后，威胁并未解除，木卫一的希德开始朝地球投放威胁更为惊人的‘自我复制品’，那是两枚种子结构的航天器，它们一枚飞往火星，一枚飞向月球，在抵达目的地后，它们竟就地植根，像参天大树一样成长起来。
卧榻之侧岂容他人鼾睡，EDC决定动用核武器摧毁月球上的希德种子。
一轮核弹过后，人类观测到希德种子已被摧毁，为了了解自己的敌人，EDC提出一个大胆的想法，重启1969年的阿波罗登月计划，派人登上月球，提取希德样本，研究希德科技。
新的登月飞船已经准备好了，陆川，材料学家林青，驾驶员云端，逆向工程学专家刘潇共四人参加了这次危险重重的任务。
然而，就在飞船临近月面，准备登陆的时候，他们遭遇了希德的‘陨石火力’，原来，希德种子并没有被彻底摧毁，仍旧残存下一部分的希德种子将主体躲入月面以下，它把自己改造成原始的‘投石机’，开始不停的朝着地球投掷质量巨大的月岩。
飞船最终被陨石击中，坠毁在希德挖出的月面巨坑中。驾驶员云端昏迷不醒，刘潇在坠轨过程中当场死亡。
陨石雨摧毁了大量地球上的城市，由于希德躲入地下，人类从地球发射的核武器已经无法命中它，摧毁它的任务落在了陆川和林青的身上。然而，没有陆川的保护，不会有新的载人飞船飞到月球解救他们，他们的当务之急是想办法回到地球。
两人想到了利用希德种子的‘投石机’原理，将他们抛掷回地球轨道，在一连串不顺的行动中，两人终于找到了‘抛石机’的利用方法，并做好了回家的万全准备。
在抛石机发射之际，林青突然变卦，声称要携带更多的希德样本，陆川和云端竟被先行抛离。
在返回地球的途中，陆川才被告知，林青肩负着另一个重任，月球上的希德种子必须被摧毁，而林青将牺牲自己，引爆飞船的发动机炸毁它。
作为一个并不怎么重要的材料学家，他被EDC放弃，用来执行这个自杀任务，而陆川作为全世界唯一能屏蔽希德粒子的人，得到了生存的资格。
这其中有不少人类意志和人性的探讨，是一个重要的燃点。
陆川和云端孤独的太空漂流，是全篇感情线的重要支撑部分。
高潮--远征与最后一战
即便存在着大量的牺牲，胜利的天平还是开始朝着人类倾斜。
EDC决定发起最后一战，他们将发射两艘巨大的星际飞船‘人类意志号’和‘星座号’，这两艘巨型飞船将肩负着人类文明的希望，远征木星，彻底摧毁盘踞在木卫一上最后的希德种子。
由于飞船的速度并不快，整个航程往返，需要两年的时间，EDC选择了一大批英雄人物来完成这个壮举。
这是赌上人类命运的终极一战，然而，谁也没有料到，最先发射的‘人类意志号’居然在飞离地球轨道后改变了航向，它的船员集体叛变，他们决定逃离太阳系，飞往格利泽581太阳系的宜居星系进行星际殖民。
EDC自然不会允许此事发生，为了拦截‘人类意志号’，‘星座号’被紧急发射，两艘船在地月轨道遭遇，并展开了激战，最终，‘人类意识号’被摧毁，‘星座号’也因为完成度不高，解体自毁。
人类的希望居然如儿戏般破灭，EDC并没有放弃，他们决定，用两艘飞船携带的小型‘挂载机’，继续执行远程任务。
这就像将波音客机开往木星，蜉蝣横渡太平洋一样异想天开，然而，为了人类最后的希望，这个疯狂的计划竟执行了下来。
几艘蜉蝣般渺小的挂载机开始了漫长的远征，它们将横渡茫茫星海，漂流两年的时间。
飞船的老化、损毁，希德的新型攻击手段，乘员的精神问题成了这次航程中新的威胁，在离开地球一年后，他们甚至一度认为，地球已经被希德摧毁，他们已经无家可归了。
他们成了星空中的孤儿，再也没有未来。
即便如此，他们还是决定贯彻最初的使命，摧毁木卫一上的希德。
在强大的意识支撑下，木卫一上的激战最终迎来。
在牺牲了很多人后，陆川驾驶着飞船，与早已经成长为参天大树的希德种子同归于尽。
然而，当尘埃落定，战争结束时，人们才发现，一直威胁人类的希德，并不是人类想象的那样，而陆川能屏蔽希德粒子的原因，也在这时得到了答案。
幸存者们愕然发现，人类一开始……就打错了敌人。
《先锋》的第一部故事线梗概告一段落。
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